L'histoire ultérieure du culte antoiniste est très calme. En Belgique, Joseph Nihoul, le président du Conseil antoiniste, puis ses successeurs, dirigent la religion jusqu'à leur mort, aux côtés des membres composant ce conseil.
L'autorité de Catherine est cependant remise en question juste après sa mort par la branche belge du culte, qui enlève alors les changements qu'elle avait apportés : suppression des photographies dans les temples, du baptême, du mariage et de la communion, opposition à la traduction des œuvres d'Antoine, etc. Un Numéro spécial de l'Unitif est édité à cette occasion en Juillet 1941. Frère Baptistin Pastorelli de Paris le soutien dans cette démarche. La fille adoptive de Père et Mère Antoine lui répond dans une lettre en critiquant vertement Frère Nihoul.
Néanmoins, un groupe de fidèles belges, affirmant suivre la véritable tradition antoiniste, ouvre le 1er avril 1943 à Angleur un temple dans lequel il préfère conserver les portraits des époux Antoine. Durant un temps, des adeptes favorables à laisser les portraits manifesteront devant le temple de Jemeppe pour que le Conseil revienne sur la décision de Frère Nihoul.
En France, les antoinistes voulurent, en majorité, rester fidèles à toutes les exigences apportées par le couple fondateur. Mais cela n'a pas non plus été sans heurts. Trois temples firent dissidence. Un groupe à Tours créa même une autre cultuelle "traditionaliste" détachée de l'Union cultuelle antoiniste après que Frère Albert Jeannin pris connaissance de la dissidence et régla le problème.
Malgré ces différences, les deux branches se montrent mutuellement de l'aide et de la tolérance. Ainsi, après la mort de Catherine, deux formes de culte antoiniste sont apparues, lesquelles restent légèrement différentes : l'une en Belgique, l'autre en France.
En Belgique, la croissance de la religion a commencé rapidement à stagner, voire à décliner, preuve en est le fait que plus aucun temple n'y a été construit depuis 1968 et que plusieurs parmi les édifices existants sont actuellement inusités à cause d'un manque d'argent et/ou de membres costumés, voire vendus.
En France, la construction de temples s'est en revanche poursuivie jusqu'en 1993.
source : wikipedia.org/wiki/Antoinisme
Le culte antoiniste sera alors peu étudié et peu relaté dans les journaux, hormis lors de consécration de nouveaux temples. Notons l'étude de Pierre Debouxhtay (faisant suite à son livre Antoine le guérisseur et l'Antoinisme de 1934) appelé simplement L'Antoinisme et publié en 1945. L'Antoinisme a du attendre 1993 pour qu'il soit étudié par le sociologue Régis Dericquebourg. Ajoutons une nouvelle biographie romancée de Louis Antoine par Roland AE Collignon.
Le culte belge éditera à partir de 2003 un petit Historique et des Démonstrations.
En 1970, pour le 60e anniversaire de la consécration du culte, le Conseil antoiniste belge décident de mettre le temple comme il est en France : les portraits sont replacés dans les temples. On en revient aux formules anciennes annonçant l'opération, laquelle est rétablie le dimanche. La lecture des "Dix Principes", elle aussi, est rétablie après les Opérations en semaine. Tout cela sous l'impulsion du frère Lucien Miot, « Secrétaire moral du Culte », qui crée une revue mensuelle le "Journal d'Information Morales", qui disparaît quelques années plus tard.
Jemeppe revient, avec Soeur Ghislaine Dumont aux pratiques d’avant la réconciliation en 1985. Il est cependant permis aux desservants des autres temples de garder le rituel français. En 2000, une École du Nouveau Spiritualisme est créé au temple de Jupille alors inoccupé. En 2010, une solidarité des groupes est créée pour faire des lectures dans les temples qui n'ont plus de desservants. Beaucoup a donc été entrepris pour retrouver des adeptes prêts à s'investir dans le Culte, sans grand succès, la Wallonie ayant connu une désindustrialisation importante et un chamboulement social très dur. Internet et les médias sociaux amènent maintenant à quelques personnes de découvrir le Culte (qui se refuse toujours à tout prosélytisme) et s'engagent pour certains.
Lors du centenaire du Culte Antoiniste, de nombreux adeptes belges et français se rendent à Jemeppe le 15 août 2010 pour les 4 Opérations répétées dans le Temple qui eurent lieu à cette occasion. Soeur Marie-Thérèse van Loo, desservante du Temple de Jemeppe est à la grande tribune.
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